兒科學系1979被國務院學位辦批準為碩士學位授權學科，1987成為博士學位授權學科；1992年設博士后流動站，現共設有碩士學位授權點8個，博士學位授權點6個。兒科學學科于2007年獲批國家重點學科，2010年獲批國家級優秀教學團隊，2011年獲批教育部兒科重大疾病研究重點實驗室，2012年獲批北京市兒童矯形器具工程技術中心，兒童血液病/腫瘤分子分型北京市重點實驗室。危重癥醫學、呼吸病學、中醫兒科學獲批衛生部國家臨床重點專科，另有北京市重點學科4個，是教育部兒科學國家重點學科和國家級優秀教學團隊。
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| 兒童血液病國際會議成功舉辦 | 教育部重點實驗室論證 |
兒科學系在國內外享有較高學術地位，為中華醫學會小兒外科學會現任主任委員，中華醫學會兒科學會候任主任委員，另有71名專家在48個兒科學術團體中任主任委員或副主任委員。胡亞美、張金哲、江載芳、楊永弘教授等曾在國際兒科學會、太平洋地區小兒外科學會、亞洲小兒外科學會、亞洲兒科學會等國際學術團體中擔任地區主席或執委。學系還是全國兒童醫院管理學會主任委員單位、中華醫學教育學會兒科分會主任委員單位、衛生部衛生專業技術人員資格考試兒科專家委員會主任委員單位等。從人才隊伍，教學成果，科研課題，SCI論文，科技專利，科研獎勵等方面將兒科學系與其它國內醫院相比較，本學科基本處于同類學科的前10%。
該學科現有院士2名，教授33人，副教授45人，博士生導師15名，碩士生導師43名，承擔兒科醫學博士后、博士及碩士研究生、七年制本科生等多層次兒科醫學教育。兒科學系現有學科骨干18人，核心團隊59人，其中具有博士學位36人，占61%，45歲以下青年骨干占51%，該團隊中先后獲批北京市優秀人才20人，“十百千”人才中“十”人才4人，“百人才”12人，曾入選北京市科技新星8人，團隊中90%以上有國外學習經歷。近年來學系加強了學術梯隊的建設，逐漸建設成為年齡結構，知識層次結構更為合理的學術梯隊。倪鑫、楊永弘、申昆玲、沈穎、孫寧、鄭胡鏞等教授不僅作為兒科學各專業的學科帶頭人，而且均已成為國內兒科各領域的領軍人物。
兒科學自2007年獲批國家重點學科以來，努力加強學科建設，并獲得豐碩成果。近五年來共承擔各類科研項目162項，項目總經費達2991萬元，其中國家級項目29項，含國家自然基金項目23項，省市級項目72項。獲得科研成果5項，發明專利4項，出版專著53部，在國家級規劃教材《兒科學》從研究生到本專科及專科醫師培訓等各層次教材中均擔任主編或副主編。兩門主干課程《小兒內科學》、《小兒外科學》先后建成為北京市級精品課程，獲北京市精品教材4部，在國內外核心期刊發表論文1700余篇，其中SCI收錄近200篇，并在《New Engl J Med》發表2篇文章。
近年來相繼與美國、英國、俄羅斯、瑞典、澳大利亞、意大利、加拿大、日本、香港等多個國家和地區的兒童醫療機構積極開展交流和廣泛的國際合作，成功舉辦國際、國內高水平學術會議20余次，舉辦國家級繼續教育培訓項目70余項。
在學科建設同時，該學科完成了大量的、高難度的醫療任務，為北京乃至全國的兒童健康事業做出了重要貢獻。年接診門診患兒平均220萬人次/年，收治住院病人近20萬人次，為7萬余人次進行了手術治療，被評選為“雙十佳人民滿意醫院”醫院，“全國五一勞動獎狀”單位。在幾次重大突發事件中，發揮了重要作用。如“三鹿奶粉”事件、H1N1爆發，北京奧運志愿服務、汶川地震救援、玉樹地震等重大事件中，兒科學系均不辱使命。
兒科學將不斷加強重點學科建設，提升科研整體實力，加快人才梯隊培養，充分發揮醫院學科領航地位，下沉優質醫療資源，切實提高兒科學系成員單位醫療技術及綜合服務水平，鞏固并完善“基層首診、雙向轉診、急慢分治、上下聯動”的全國兒科分級診療體系。力爭在“十三五”期間，將兒科學打造重大新技術轉化應用中心、高層次人才培養中心及高水平科研創新中心。
