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首都醫(yī)科大學(xué)藥物化學(xué)于2008年批準(zhǔn)為北京市重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科，2012年被批準(zhǔn)為北京市重點(diǎn)學(xué)科，2003年批準(zhǔn)為碩士學(xué)位授予點(diǎn)，2011年批準(zhǔn)為博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。2012年獲批博士后流動站。依托藥物化學(xué)學(xué)科，已獲批內(nèi)源式預(yù)防藥物教育部工程研究中心和多肽及小分子藥物北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，三項(xiàng)北京市創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)。
研究獲北京市科學(xué)技術(shù)二等獎
出版專著藥物化學(xué)原理
該學(xué)科現(xiàn)有教師16人，其中正高職2人，副高職9人，教師隊(duì)伍中具有博士學(xué)位14人，占教師總?cè)藬?shù)的87.5%，碩士學(xué)位2人，占12.5%；享受國務(wù)院政府特殊津貼2人，北京市特聘教授2人，北京市教學(xué)名師1名，教師隊(duì)伍結(jié)構(gòu)合理，平均年齡40歲。
多年來，該學(xué)科在多肽藥物化學(xué)、糖胺藥物化學(xué)、雜環(huán)藥物化學(xué)、等研究方向形成了自己的特色，堅(jiān)持融合化學(xué)、生物學(xué)、化學(xué)生物學(xué)和藥學(xué)，堅(jiān)持集合藥物設(shè)計(jì)、藥物合成、藥物分析、藥物鑒定、藥物評價于一體，堅(jiān)持建設(shè)學(xué)科平臺。
近五年來共培養(yǎng)博士22人，獲學(xué)位8人，培養(yǎng)碩士138人，其中授予碩士學(xué)位77人；本科生200余人。共發(fā)表SCI論文49篇（IF=2-5），獲得發(fā)明專利217項(xiàng)，其中授權(quán)72項(xiàng)，轉(zhuǎn)讓專利2項(xiàng)，合同金額350萬；承擔(dān)國家級課題17項(xiàng)，總經(jīng)費(fèi)698余萬元，其他課題15項(xiàng)，總經(jīng)費(fèi)277萬；獲省部級獎勵1項(xiàng)。
本學(xué)科是北京地區(qū)唯一一所醫(yī)科大學(xué)辦的藥化學(xué)科，醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)是北京市定義的支柱產(chǎn)業(yè)之一。本學(xué)科對推進(jìn)北京地區(qū)的醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)現(xiàn)代化負(fù)有歷史性責(zé)任，本學(xué)科努力加強(qiáng)產(chǎn)學(xué)研用結(jié)合，推動專利技術(shù)轉(zhuǎn)化。近3年有新型糖胺絡(luò)鉑抗腫瘤劑和聚天冬氨酰甲硫氨羧排鉛劑兩項(xiàng)專利進(jìn)入了企業(yè)的新藥開發(fā)階段。本學(xué)科充分利用內(nèi)源式預(yù)防藥物教育部工程中心和多肽及小分子藥物北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室兩個平臺，努力為企業(yè)培養(yǎng)人才和培育產(chǎn)品。近3年有浙江醫(yī)藥、海南恒瑞、山東青島國風(fēng)和臺灣順天堂等制藥企業(yè)按照這種模式運(yùn)作合作項(xiàng)目。本學(xué)科堅(jiān)持對外學(xué)術(shù)交流，多次與美國、臺灣等地大學(xué)以訪問學(xué)者、聯(lián)合培養(yǎng)博士后、學(xué)術(shù)講座、合作發(fā)表文章等形式進(jìn)行學(xué)術(shù)交流，擴(kuò)大學(xué)科的學(xué)術(shù)影響力。
該學(xué)科的發(fā)展目標(biāo)是（1）協(xié)同藥物分析化學(xué)，力爭將多肽藥物化學(xué)、糖胺藥物化學(xué)、雜環(huán)藥物化學(xué)等學(xué)科方向建設(shè)成國內(nèi)領(lǐng)先國際知名的特色方向。（2）平均每年培養(yǎng)博士3人，碩士10余人。（3）平均每年發(fā)表高質(zhì)量SCI論文10余篇，申請國家發(fā)明專利20項(xiàng)左右。（4）努力發(fā)展依托藥物化學(xué)學(xué)科的多肽及小分子藥物北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，服務(wù)北京醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)。（5）發(fā)揮內(nèi)源式預(yù)防藥物教育部工程研究中心優(yōu)勢，加快學(xué)科成果的轉(zhuǎn)化，推動北京市醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。