首都醫科大學口腔醫學系于1983年成立，1998年被國務院學位委員會批準為口腔臨床醫學博士授權點， 2002年口腔臨床醫學成為北京市重點學科，同年批準為口腔醫學一級學科博士點。2003年被國家人事部批準為博士后流動站，并成為教育部國家生命科學與技術人才培養基地。
國家獎證書
北京市科學技術獎一等獎
經過二十余年的學科建設與發展，口腔臨床醫學已形成了由口腔內科、口腔頜面外科、口腔修復和口腔正畸等四個骨干學科所組成的口腔臨床醫學學科群，覆蓋了口腔醫學的各個領域，并帶動了相關基礎學科的發展，在醫療、教學和科研等方面所搭建的條件平臺已基本具備了國內一流的規模和水平。設有17個臨床科室，6個醫技科室和6個診療中心，涵蓋了口腔醫學的各個專業領域。附屬北京口腔醫院有先進的牙科綜合治療臺288臺和病床80張，年收治住院患者961人次，年均門診量50萬人次（日均1900人次），是北京市屬三級甲等口腔專科醫院，承擔全市人民群眾口腔疾病的防治工作及來自全國各地的口腔疑難病診治工作。牙體牙髓、口腔修復、口腔頜面外科專業為國家臨床重點專科。口腔醫學專業為國家級特色專業，北京市實驗教學示范中心。
口腔臨床醫學已形成具有國內一流規模與水平的醫教研防學科群體和口腔臨床高級人才培養基地。擁有一支包含有國家杰出青年科學基金獲得者、新世紀百千萬人才、科技新星等優秀人才的學術隊伍。有專任教師及研究人員214名，其中教授6人，副教授35人，博士研究生導師6人，碩士研究生導師41人，高級職稱人員157人，博士學位117人，碩士學位82人。國家杰出青年科學獎勵基金2人，有突出貢獻專家3人, 享受政府津貼專家8人，海外杰出青年基金1人，入選跨世紀人才工程2人，北京市十百千衛生人才工程9人，北京市優秀青年知識分子 3人，北京市科技新星 26人，北京市優秀人才 22人。是中華口腔醫學會口腔黏膜病專委會、口腔生物醫學專委會、口腔醫學教育專業委員會主任委員單位。
近年來，學科把握國家實施科教興國戰略的機遇，根據國家需求及學科發展前沿動態進行學科合理布局，在教學、科研、社會服務等方面取得較大成績。獲國家級科研項目21項、省部級科研項目45項、局級科研項目62項，獲批經費總額2133.5萬元。在專業核心期刊發表論文300余篇、SCI收錄論文44篇，影響因子合計80.584。獲國際牙科領域重要的William J Gies獎。獲國家科學技術進步二等獎1項、北京市科學技術獎一等獎1項、中華醫學科技獎三等獎1項。獲授權發明專利1項，實用新型3項。出版專著、主編專著13部，譯著3部。口腔正畸學、口腔修復學、口腔粘膜病學獲校級精品課程、口腔正畸學獲校級雙語教學示范課程。
充分發揮學科優勢，在全國率先開展為適齡兒童窩溝封閉預防齲齒項目及為全口無牙低保老人免費鑲牙工作，協助市衛生局開展健康促進行動，建立覆蓋整個生命周期口腔衛生保健理念。
主要特色和優勢研究方向：
（1）口腔內科學——齲病、牙髓病和根尖周病、牙周病、口腔粘膜癌前病變發病機制及防治研究。該方向結合齲病、牙髓病和根尖周病、牙周病及口腔粘膜癌前病變的診斷、治療需求，開展發病機制及診療方法與技術研究。在口腔癌化學預防藥物研究及牙髓病治療方面居國內先進行列。
（2）口腔頜面外科學——口腔頜面部組織修復、涎腺功能及功能重建。
口腔頜面-頭頸缺損的功能性修復重建、唇腭裂綜合序列治療、涎腺疾病內窺鏡治療等特色臨床研究居國內先進水平。
（3）口腔修復學——復雜牙體缺損、牙列缺損、牙列缺失修復的臨床治療及相關材料學、生物力學研究。CAD/CAM系統在口腔修復中應用、可切削陶瓷材料表面處理、重度磨耗牙列咬合重建等研究居國內先進行列，并開發出有自主知識產權的樁核材料。
（4）口腔正畸學——牙頜面畸形矯治機理及矯治方法研究。該方向研究牙頜面畸形等疾病矯治機理、矯治技術及相關材料學內容，開發出有自主知識產權的無托槽隱形矯治技術并推向市場，居國內同行領域領先行列。
學科將繼續遵循“發揚優勢、突出重點、培植特色、保障基礎、加強應用”的建設方針，鞏固并發展口腔臨床醫學的特色與優勢，推動口腔科學系人才培養、科學研究、社會服務及合作交流水平實現跨越式提升，推進戰略發展規劃目標的實現。
