首都醫科大學口腔基礎醫學是以口腔前沿基礎研究為主要工作內容的學科群。口腔基礎重點學科是以北京口腔醫學研究所為實驗平臺，以豐富的口腔臨床研究資源為基礎，以一批高學歷、有海外留學經歷的口腔教育和科學研究事業的老中青年技術骨干隊伍為基石，從事口腔分子生物學、口腔干細胞及組織再生、牙齒生長發育、腫瘤生物學、牙周病及齲病發病機理、骨生物學及生物材料學等基礎前沿研究。
研究成果獲國家科技進步二等獎
全牙再生與口腔組織功能重建北京市重點實驗室揭牌儀式
口腔基礎醫學建設于1985年；1998年獲得碩士學位授予權；2003年獲準設立口腔醫學一級學科博士學位授予點和博士后流動站，同年獲教育部批準成為國家生命科學與技術人才培養基地；2008年獲批為口腔基礎醫學北京市重點學科；2010年被北京市科委授予“全牙再生及口腔組織功能重建北京市重點實驗室” 。
該學科現有人員54人，其中高級職稱33人，中級職稱12人，初級職稱9人。15人獲得國家杰出青年基金、國家優青基金、北京市科技新星、北京市衛生技術人才等各類學術稱號。其中35人具有博士學位，2人具有碩士學位。
承擔包括973課題、863課題、國家自然科學基金重點項目、美國NIH課題等科研課題61項，總經費1832萬元；發表SCI論文33篇，包括PNAS、Blood、 Nat Med、Cell Stem Cell等著名學術期刊；獲2010年國家科技進步二等獎1項，2009年北京市科學技術一等獎1項；申請發明專利5項，獲批1項；主編統編教材及專著3部。
在社會服務方面，與美國P&G、韓國好麗友、中國計量科學研究院等建立長期合作關系，在醫療器械材料生物學檢測、中藥防齲及牙周病防治、口臭防治等方面開展合作研究。
在學術交流方面，開展多層次學術交流與國內外知名科研院校建立長期穩定合作關系，近五年來主辦國際學術會議1次，國內學術會議5次；聘請國外專家講學16人次，國內專家講學3人次；應邀出國講學10人次；在國際學術會議上作特邀報告9人次；參加國際學術會議38人次；參加國內學術會議80人次。
該學科主要研究方向為1.牙發育及再生研究；2.涎腺功能重建研究；3.口腔感染性疾病病因學及防治研究等。研究特色與優勢為1.具有豐富臨床資源，圍繞口腔重要疾病和口腔醫學重大基礎理論開展研究，其中發現硝酸鹽轉運通道、間充質干細胞治療干燥綜合征基礎及臨床研究，生物牙根等方面有重要學術影響；2.作為中華口腔醫學會口腔生物醫學專業委員會主任委員及中華口腔醫學會口腔醫學教育專業委員會主任委員國靠單位，在口腔基礎研究方面有自己的特色，并培養了一批高水平口腔基礎研究人才隊伍；3.擁有一流的學科帶頭人、學術團隊，同時具有科研、教學條件平臺；4.與國內外一些高水平的科研院校建立了長期穩定合作交流關系。
學科發展中長期目標為，學科建設上，努力爭取建設成國內一流、有重要國際影響的學科；科學研究上，瞄準國際高水平的研究領域，力爭承擔國家重點和重大項目課題，發表高水平科研論文；加快實驗室科研成果轉化應用于臨床；人才培養上，培養更多有影響的學術帶頭人和學科骨干，形成一支年齡、職稱、學歷結構合理、學術水平高、創新意識強的人才隊伍；平臺建設上，進一步加強開放化實驗室建設和科學信息網絡建設；加強科學化科研管理改革，完善科研管理政策，為全北京的口腔醫學研究提供支撐。
作為目前我國口腔醫學院校中唯一的教育部臨床高級人才培養基地；也是北京市口腔臨床醫學、口腔基礎醫學重點學科的研究基地。首都醫科大學口腔基礎醫學將為學校、北京地區乃至全國的多家口腔醫療單位及研究機構提供多方面的研究技術服務，將在北京口腔醫學事業的發展中起到重要的推動作用。
