首都醫科大學中醫學科于2008年獲批北京市重點（建設）學科，主要依托中醫藥學院及附屬北京中醫醫院等中醫藥相關科室，是集科研、臨床、教學為一體的綜合性中醫學基地。本學科有國家中醫藥管理局重點建設學科4個及重點建設專科5個；北京市中醫藥重點學科5個及重點專科4個；北京市中醫特色診療中心4個。2005年中醫學獲一級學科碩士授予權。本學科在中醫皮膚病學、中醫內科消化、心血管病、腫瘤防治、針灸學科等方面在北京處于領先地位，并且在國內已有知名度。
中醫臨床基礎學科帶頭人
國醫大師--賀普仁
本學科人員共有近300人，其中有高級職稱的180余人,博士學歷學位達20%,碩士學歷學位達60%，并擁有30余名國家級及市級名老中醫和傳承工作室站。擁有專業實驗室14個，面積3000㎡，擁有5萬元以上大型儀器設備400件，總值近4000萬元。
該學科主要研究方向包括中醫藥防治脾胃病、心血管疾病、腫瘤及針灸學的研究、中醫藥防治皮外科疾病研究、經典理論指導疾病證治規律研究、中醫基礎理論研究等。
國家級名老中醫云集，有利于傳承發揚；有一批國家及北京中醫藥管理局重點學科、專科，特色中心突出；基礎、臨床一體三段的人才培養模式形成，臨床、基礎緊密結合,讀經典、多臨床、導師制的人才培養模式；繼承而不泥古，弘揚而不離宗的可持續發展戰略確立等。本學科脾胃學說的應用研究、心血管疾病的臨床流行病學研究、中醫藥防治腫瘤及經典理論指導下中醫病證證治規律研究、中醫文獻應用研究一直是本學科的研究重點，在北京乃至全國居領先水平，具有較高的學術地位。
在教育教學改革方面，中醫學專業建立了“雙楔形”教學課程體系；形成了“一體三段式”教學模式；強化實踐教學貫穿全程；培養“雙師型”教師隊伍；啟動“雙語”教材的編寫。在進行北京市名老中醫工作室站建設同時，依托北京市名老中醫資源，探索中醫學專業學校教育與師承教育模式相結合的新型教育教學改革與實踐，并取得一定成果。2008年中醫學評為北京市特色專業，近五年獲省部級獎共4項。建立了16個北京市中醫管理局名醫工作室站，7個國家級室站，1名教師獲得北京市優秀教師，12名教師獲得北京市青年骨干教師的稱號等。2010年中醫專業獲批教育部特色專業。努力探索本科生導師制，在中醫傳承與現代教育相結合培養復合型實用人才方面具有特色。近五年招收研究生230人，其中博士12人，碩士218人。近五年有119人獲得碩士學位，8人獲得博士學位。
近五年立項局級以上科研課題117項，其中國家級課題26項，市級課題24項，局級課題67項，橫向課題20余項，共獲科研經費3000余萬元。近五年公開發表論文977篇，其中SCI論文19篇。《中醫藥治療急性心肌梗死多中心十年質量管理及其動態信息監控》項目，獲得省部級一等獎，第一承擔人劉紅旭，證書編號：lsz-201101-r-01。“涼血活血方治療銀屑病（白疕）血熱證的臨床與基礎研究”獲得北京市科學技術獎三等獎；“涼血活血方治療銀屑病（白疕）血熱證的臨床與基礎研究”獲得中國中西醫結合學會科學技術獎三等獎。近五年申請專利8項，其中有2項專利獲得授權，編寫各層次教材48部，其中主編或副主編13部，學術專著89部，其中主編或副主編46部，建設校級精品課程8門，參加建設北京市精品課程1門。
連續三年參加了四川什邡災區重建中醫技術援建工作，赴甘肅玉樹災區救災醫療等活動；赴京郊延慶、平谷開展中醫對口技術支持，赴房山義診，赴內蒙古社會實踐等活動。組織參加了中醫類別全科醫師崗位培訓工作、確有專長人員中醫藥考試題庫建立及考試工作、組織申報建立國家中醫藥管理局中醫社區理論培訓基地等工作。心內科年門診量超過15萬人次，住院患者1400人次，介入診療超過700人次，科室總收入達到1.2億元，醫療工作量在北京地區中醫心血管科位列前位，在全國也名列前茅。皮科連續兩年參加北京市援疆工作，援建新疆和田地區人民醫院中醫科、皮膚科。組織籌備主持召開國際研討會多次，組織學術交流會30余場，參加各類學術研討會300余人次。
中醫學以服務國家、北京衛生事業發展為目標，堅持繼承與創新相結合，圍繞名老中醫學術特色，吸收現代研究成果，以提高臨床療效為目的，開展臨床和基礎研究。打造出北京市中醫學教育、科研和醫療三位一體的學科發展體系；保持和發揮中醫藥特色和優勢，推進繼承和創新，開辟中醫學建設新路。以中醫藥防治脾胃病、心腦血管疾病、腫瘤、皮膚病、外科常見疾病為主，探索并制定安全有效的診療規范并推廣實施。基礎研究主要致力于研究相關疾病的發病機制和中醫藥干預的作用及作用機制，以研發安全有效的方劑。另一方面對古醫籍進行挖掘和整理，進行中醫理論的源頭創新。
