首都醫科大學中西醫結合學系成立于2008年4月，包括中西醫結合基礎學科和中西醫結合臨床學科。
近年來，中西醫結合臨床學科共培養碩士研究生36人，培養博士研究生21人，碩士生發表論文40篇，博士生發表論文18篇。承擔科研課題34項（其中國家級6項），科研總經費達1150萬元；近五年發表論文362篇，其中SCI收錄15篇；獲國家級獎勵4項，省部級獎勵7項；獲得專利2項；主編教材11部；出版科技著作7部；每年舉辦社會健康講座及義診；每兩月舉辦一次學術講座，每兩年舉辦一屆北京中西醫結合國際研討會。
中西醫結合臨床學科的主要研究方向包括以下四個方面：
北京中西醫結合國際研討會
全國綜合醫院臨床抑郁癥中西醫診斷進展學習班
（1）中西醫結合治療病毒性肝炎、肝纖維化及肝癌的研究：
肝炎是我國當前流行最為廣泛、危害性最嚴重的一種傳染病，重型肝炎易發生肝纖維化，并導致肝癌。本方向針對肝炎、肝纖維化及和肝癌的臨床治療進行了一系列的研究，主要圍繞：①重型肝炎、肝纖維化、早期肝癌的中西醫結合臨床應用方案和療效評定標準；②中藥對肝纖維化逆轉機制等兩個方面展開研究。
（2）重癥感染并發多器官功能不全的中西醫結合治療：
多器官功能不全綜合癥（MODS）是危重病人在重癥監護病房中死亡的主要原因，成為當今國際醫學界共同矚目的治療和研究熱點。本研究方向主要圍繞：①感染性MODS的中醫證型； ②針對感染性MODS不同中醫證型的相應治療方劑；③大樣本MODS患者病情嚴重度評估和療效評價等方面展開研究。
（3）中西醫結合精神、神經病學研究：
隨著社會各種壓力的增大，近年精神、神經疾病的人數顯著增加，成為危害人民健康的一種常見病。本方向主要圍繞：①中藥改善精神分裂癥患者認知損害的作用機制；②抑郁癥、難治性抑郁癥中醫證型規律，中西藥治療對抑郁癥病人腦fMRI和MRS改變的影響；③中醫治療腦瘤和中樞性發熱的機制，中藥方劑治療的作用機制；④腦血管病中醫病因、證型、病機演變及客觀療效等四方面展開研究。
（4）中西醫結合兒科疾病研究：
消化系統及呼吸系統疾病是危害小兒健康的兩類主要疾病。本研究方向主要圍繞：①小兒消化系統疾病特別是HP感染的中西醫結合治療方案及有效中藥制劑；②小兒呼吸系統疾病的中西醫結合診斷、治療和評價體系；③中西醫結合治療耐藥小兒支原體肺炎的機制等三方面進行研究。
中西醫結合臨床學科將充分體現自身特色，發揮中西醫結合的優勢，實現學科整體水平的提高和優勢研究方向高水平的學術發展，形成方向穩定、結構合理、整體實力雄厚、能支撐學科和學科點長遠發展的人才隊伍。爭取成功申報博士點，努力創建國內一流的高水平學科。
