首都醫科大學臨床病理學系是學校建立的基礎和臨床病理學科資源整合機構和功能平臺。2007年學校為了推動病理學科的建設與發展，組建了由基礎醫學院病理學系中心病理室、附屬北京佑安醫院臨床病理室共同組成的首都醫科大學臨床病理中心，經過了幾年的工作，初步完成了在校教師的病理科輪轉。2014年根據學校臨床學科建設的需要，學校決定重新組建臨床病理中心。經過建設，2018年上半年，臨床病理中心完成換屆調整工作，并更名為臨床病理學系。重新組建的臨床病理學系是以學校病理學系（包括基礎醫學院病理學基礎教研室和宣武醫院病理科臨床教研室）為核心，聯合附屬北京友誼醫院、附屬北京同仁醫院、附屬北京朝陽醫院、附屬北京安貞醫院、附屬北京天壇醫院、附屬北京世紀壇醫院、附屬復興醫院、附屬北京兒童醫院、附屬北京佑安醫院、附屬北京婦產醫院、附屬北京胸科醫院、附屬北京地壇醫院、附屬北京中醫醫院、三博腦科醫院、附屬北京潞河醫院、中日友好醫院、豐臺教學醫院、電力教學醫院、石景山教學醫院、大興教學醫院、平谷教學醫院、良鄉教學醫院、懷柔教學醫院、昌平教學醫院、順義教學醫院和延慶教學醫院共28家醫療機構的病理科和基礎的病理學系共29個單位組成。其中三級甲等醫院11家，三級醫院11家，二級醫院6家。目前臨床病理學系有醫師（教師）224人，其中博士生導師5人，碩士生導師12人，教授7人，副教授8人，主任醫師32人，副主任醫師43人，主治醫師72人，技術人員174人，副主任技師6人。學系常務副主任劉紅剛教授，學系掛靠單位為附屬北京同仁醫院。
 |
 |
首都醫科大學臨床病理學系全面整合了學校范圍內本學科資源，其功能任務是彌合學科功能，整合學科資源，建立學科建設發展平臺，在醫療、教學、科研及人才培養方面發揮集團優勢。
整合后的臨床病理學系年病理診斷及全國疑難病會診可達近60萬例，中心內各醫院病理科又各具特色，宣武醫院、神經外科研究所及三博腦科的神經病理、友誼醫院的淋巴瘤病理、同仁醫院的眼耳鼻喉病理、朝陽醫院的呼吸。消化病理、安貞醫院的心血管病理、佑安醫院及地天醫院的傳染病病理等在國內本專業占有領先地位，某些方面在國際上也有一定的影響力。
學系內大部分醫院承擔了學校本科及研究生的教學任務，基礎-臨床教師聯合授課已成為本學科的教學特色，同時基礎-臨床教師還共同完成了教材的建設，目前已正式出版教材2部，其中《臨床病理學》被評為“十一五”國家級規劃教材。中心擁有博士和碩士培養點，招收病理學及臨床病理學科學及專業學位研究生，其中臨床病理學博士和碩士專業學位是我國醫學院校中首個獲得該專業學位授予權的單位。同時宣武、附屬友誼、安貞、朝陽、同仁及世紀壇醫院是北京市臨床病理學住院醫師培訓基地，每年承擔多項國家及北京市繼續教育任務。
學系及各醫院有一定的科研基礎，承擔多項國家級、省部級及其他各層次科研項目，近5年申請各類科研基金項目近100項，其中國家級及省部級項目43項。近5年發表科研文章300多篇，其中SCI收錄論文110篇。基礎病理學科2012年獲批北京市重點學科，附屬同仁醫院病理科獲批2014年頭頸部腫瘤分子診斷重點實驗室。
臨床病理學系的建設發展目標是在學科資源整合基礎上，提高病理學科的醫療服務、人才培養和科學研究的學術水平。堅持“學術追求、學術引領、學術民主”的原則，全面推進病理學科建設，不斷提升臨床病理學科的醫教研整體水平，在新的歷史時期為病理學科的發展和創新型人才的培養做出更多的貢獻。
