首都醫科大學泌尿外科學系組建于2010年1月，由學校附屬醫院、教學醫院等多家委員單位組成，基本覆蓋了北京各區、縣的三級甲等和二級甲等醫院。2012年6月和2018年上半年，系務委員會進行第二屆和第三屆換屆改選，學系規模進一步擴大，包括附屬北京友誼醫院、宣武醫院、附屬北京朝陽醫院、附屬北京同仁醫院、附屬北京天壇醫院、附屬北京安貞醫院、附屬復興醫院、附屬北京佑安醫院、附屬北京地壇醫院、附屬北京兒童醫院、附屬北京婦產醫院、附屬北京中醫醫院、附屬北京世紀壇醫院、豐臺醫院、電力教學醫院、石景山教學醫院、潞河教學醫院、密云教學醫院、大興教學醫院、平谷教學醫院、良鄉教學醫院、北京市普仁醫院、北京市昌平區醫院、北京市順義區醫院、延慶縣醫院等。學系掛靠單位設在附屬北京友誼醫院，學系主任由田野教授擔任；學系副主任五人，分別由歐彤文教授、張勇教授、廖利民教授、邢念增教授、閆勇教授和姜永光教授擔任。學系系務委員會由各委員單位的泌尿外科主任組成，學術委員會由海內外泌尿外科學界和相關基礎醫學研究領域的21名著名專家組成，其中院士3名，學系辦公室設在附屬北京友誼醫院，負責協調學系日常工作。
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學系現有學位點11個，包括博士點3個，碩士點8個，博士后流動站1個，每年培養碩士、博士研究生數十人。學系委員單位依托學校基礎醫學院和各附屬醫院擁有的市屬、市級重點實驗室和研究基地承擔了大量的臨床和基礎研究。學系還擁有全自動膀胱鏡檢查臺、腹腔鏡設備（含教學模擬腹腔鏡）、鈥激光治療儀、影像尿動力學檢查儀、盆底電生理實驗室、體外震波碎石儀等大型現代化診療設備多臺。
學系學術團隊強大，擁有各級醫師270名，包括高級職稱127名，教授、副教授52名，具有博士學位和碩士學位的醫師分別有65人和69人，年齡在35-50歲的中青年骨干占全系醫師的75%以上。學系有18人擔任各類專業學術委員會全國委員，含全國常委2人、秘書長1人、委員15人；25人擔任北京市各類專業委員會副主任委員、常委和委員。學系共有10人獲得北京市“十百千”人才稱號，8人入選“215”工程-北京市衛生系統高層次衛生技術人才培養計劃，6人入選北京市科委科技新星計劃。41人擔任《中華醫學雜志》、《中華器官移植雜志》、《中華泌尿外科雜志》、《臨床泌尿外科雜志》等本領域重要雜志編委，12人擔任國外英文期刊的編委和特約審稿人。
近五年來，學系共申請科研經費2000余萬元，包括國家自然科學基金等國家級項目13項，省、市、局級項目47項；獲得各級科技獎10項，申請專利4項；發表學術論文800余篇，其中被SCI收錄論文96篇，總影響因子超過150；主編、副主編和參編出版相關專業學術專著33部，含英文教材1部，研究生課程教材1部。近五年來，主辦全國會議多次，主辦、參辦其他學術會議、學習班100余次。學系積極組織環北京送醫下鄉義診活動，多名專家、教授赴北京郊區農村實地開展義診咨詢活動，取得良好社會效益。
泌尿外科學系覆蓋北京地區，并服務于全國的疑難病患者，病源豐富、技術力量雄厚、設備設施先進，同時在科學研究和人才培養方面也具有明顯的優勢和特色，這是學系的寶貴資源和可持續發展的基礎。學系具有鮮明特色的學科方向包括：器官移植的基礎和臨床研究、泌尿系腫瘤的診斷和治療、神經泌尿學的基礎和臨床研究、尿流改道和膀胱重建、前列腺疾病的診斷和治療、小兒泌尿外科相關領域等。
泌尿外科學系將堅持“兩個階段三步走”的戰略發展思路，在第一和第二階段發展成就的基礎上，堅持科學發展和改革創新的工作理念，堅持實事求是和深入實際的工作作風，認清形勢，抓住機遇，理清思路，明確目標，以新的發展規劃凝練民心鼓舞意志，努力實現學校戰略發展規劃的最終目標。泌尿外科學系將繼續著眼于促進基礎科學研究、提高臨床醫療診治水平、高質量完成教學工作的實際目標，為新階段的全面沖擊做好準備，為學校建設高水平研究型醫科大學的戰略目標，做好本學系的各項工作。
