首都醫科大學兒科學系成立于2003年，掛靠附屬北京兒童醫院，整合宣武醫院、附屬北京友誼醫院、附屬北京朝陽醫院、附屬北京同仁醫院、附屬北京天壇醫院、附屬北京安貞醫院、附屬首都兒童醫學中心等首醫系統多家臨床醫學院和教學醫院的優質兒科資源。其宗旨在于整合力量，加強兒科學科建設與高層次人才培養，作為北京乃至全國的兒童疾病診療基地，為完善兒科醫療衛生服務體系、提升服務能力、縮小區域差距、促進資源均衡發展做出貢獻。2025年4月，兒科學系正式更名為兒科學院，標志著其發展進入了全新階段，將繼續為兒科醫學事業貢獻力量。
首都醫科大學兒科學于2007獲批國家重點學科。兒科學院現擁有國家兒童腫瘤監測中心、國家呼吸系統疾病臨床醫學研究中心、國家中西醫協同旗艦醫院試點單位等12個國家級平臺，10個國家臨床重點專科，7個北京市重點實驗室，4個北京市級研究平臺以及16個市級醫療中心。兒科疑難重癥疾病的診斷治療水平居國內領先地位，國家臨床重點專科進一步鞏固。設立疑難、罕見病MDT門診、罕見病中心臨床部，新增心身醫學科，成立精神醫學中心。開展母胎醫學、連續性醫療服務，眼角膜庫開展運行。學科分層建設形成“1+3+3+4”學科布局（1個一流學科、3個優勢學科、3個特色學科、4個潛力學科），兒科學及細分方向（血液病、神經外科等）獲北京市專項支持。獲批中西醫協同“旗艦”醫院項目，獲批3個國家中西醫結合旗艦科室，北京市中醫兒科質控中心組長單位及“十四五”重點專科（領超類）等。“十四五”期間，學院新增7個省部級及以上科技創新平臺；獲批2項國家重點研發計劃、1項國家自然科學基金重大項目；建立“兒童醫學大模型”等3個北京市重點實驗室；在國際頂刊發表論文13篇被權威指南引用；累計專利達623項（發明專利122項）；完成成果轉化63項，合同金額達8697萬元；入選中國醫院創新轉化100強（全國第81位）；開發萬億參數兒科醫學大模型，“兒科大模型賦能兒童健康”案例在第七十八屆世界衛生大會展示，為“共創健康世界”貢獻兒醫智慧。
兒科學院獲批國家級一流本科專業建設點（2022年）和國家級一流本科課程（2023年）；牽頭制定全國住培結業臨床實踐能力考核方案；在全國住培標準制定中發揮主導作用，主持修訂國家級住培基地標準（2022版）和培訓標準（2022版）；獲批北京高等學校優質本科課程（兒外科學）和虛擬教研室；建設完成北京市“兒科學”慕課平臺；獲評國家級醫學教育典型案例獎。擁有教育部兒科學國家重點學科和國家級優秀教學團隊，現有教授、副教授174人，擁有碩士學位點16個，博士學位點7個，研究生導師共165人（博士生導師63人，碩士生導師102人）；承擔著博士、碩士研究生，長學制兒科專業，護理大專及繼續醫學教育等多層次教學任務，并設有博士后流動站，每年為社會輸送大量優秀兒科人才。
兒科學院擁有中國現代兒科醫學奠基人諸福棠、小兒白血病專業 學科帶頭人胡亞美、中國小兒外科創始人之一張金哲等國內兒科界僅有的三位院士，以及突出貢獻專家、享受國務院政府特殊津貼人員、新世紀百千萬人才工程國家級人選、國家杰出青年科學基金獲得者等眾多高層次人才。成功引進中科院院士、國家自然科學基金杰出青年等頂尖人才；柔性引進英國科學院院士等外籍專家；通過GNIS平臺實施全球引才計劃；建立“種子—春芽—苗圃—良木”四級人才培養機制；實現從入職初期到學科帶頭人的全周期覆蓋；青年人才儲備顯著增加。人才結構不斷優化，形成具有較高學術影響力的專家骨干隊伍，為學科發展提供有力支撐。
未來，首都醫科大學兒科學院將繼續加強重點學科建設，提升科研整體實力，加快人才梯隊培養，充分發揮學科領航地位，下沉優質醫療資源，切實提高兒科學院成員單位醫療技術及綜合服務水平，不斷將兒科學系打造成重大新技術轉化應用中心、高層次人才培養中心及高水平科研創新中心。
