首都醫科大學傳染病學系成立于 2005 年，經2025年換屆調整，學系成立第五屆系務委員會，學系掛靠單位為國家傳染病醫學中心主體單位附屬北京地壇醫院，學系成員單位包括附屬北京佑安醫院、附屬北京胸科醫院、附屬北京兒童醫院等29家首醫系統內臨床醫學院、教學醫院，現任學系主任為陳效友教授。
傳染病學系擁有國家重大傳染病防治基地、國家微生物科學數據中心臨床分中心、國家感染性疾病醫療質量控制中心、中醫藥國家臨床基地、傳染病溯源預警和智能決策全國重點實驗室、臨床研究國家級質量評價和促進中心（傳染病領域）、結核病臨床研究北京市國際科技合作基地、耐藥結核病研究北京市重點實驗室、北京市感染性疾病臨床重點專科等高水平學科平臺。
傳染病學系擁有國家級重大人才項目獎勵計劃特聘教授1人、國務院津貼獲得者8人（在職）、國家杰出青年基金1人、國家優青基金獲得者3人、國家級百千萬人才1人、“南丁格爾獎”獲得者 3 人，以及北京學者、北京市突貢專家、北京市戰略科技人才、北京市杰出青年、北京市優秀青年人才、北京市科技新星等省部級、局級人才536人。
傳染病學系承擔著博士研究生、碩士研究生、本科生及繼續醫學教育等多層次教學任務。現有博士培養點28個，碩士培養點62個，博士后流動站8個，博士生導師162人，碩士生導師358人。公開出版規劃教材4部、專著195部，主編研究生培養教材4本，《傳染病學》慕課入選國家高等教育智慧教育平臺、《傳染病學》在線開放課程入選北京高校一流課程案例。學系多人次榮獲高等學校科學研究優秀成果獎、北京市青年教師講課比賽二等獎、首都醫科大學課程思政優秀教學設計案例、首都醫科大學教育教學成果一等獎、首都醫科大學青年教師基本功比賽臨床組一等獎等多項教育教學獎項。
傳染病學系緊密圍繞國家和社會需求，主要學科方向為慢性乙型肝炎-肝硬化-肝癌早診早治關鍵技術和全程管理；艾滋病診療關鍵技術研究；結核病診治與防控研究；兒童重癥感染性疾病的臨床和基礎研究；新發突發傳染病診治與防控研究，特別在重大突發公共衛生事件感染救治方面積累了豐富的臨床經驗、開展了高水平的研究工作。“十四五”期間，學系共獲批各級課題1554項，其中國家重點研發28項，國家自然科學基金191項，國自然重大7項，其他省部級、局級、區級項目1328項；2021—2025年間學系累計發表JCR分區Q1 區SCI文章 1522 篇，專利含金量與日俱增，實現了從量的積累到質的飛躍，共授權專利 1426項（其中發明專利215項）；完成科技成果轉化 108 項，合同轉化金額達20657.3萬元。學系以學術會議為交流平臺，不斷加強國際、國內學術交流。連續多年舉辦傳染病管理與防治新進展、流感及其他人獸共患病診治新進展學習班、國際結核病論壇等學術會議。傳染病學系積極承擔社會責任，勇于擔當、精準幫扶，援疆、援藏、援涼山、援內蒙干部，赴京津冀地區義診，2021 年以來義診超過20萬人次。
傳染病學系凝聚首都傳染病醫療與基礎研究領域的核心力量，學科影響力持續居于國內領先地位。未來，學系將繼續鞏固優勢、提升綜合實力，充分發揮引領、輻射和帶動作用，推動北京乃至全國傳染病學科整體水平不斷邁進，奮力邁向世界一流行列。
